建设工程合同纠纷的处理流程一般如下：
1. 协商解决：合同当事人首先可以尝试通过友好协商的方式，就纠纷事项进行沟通和谈判，寻求双方都能接受的解决方案。这是成本较低且较为便捷的方式。
2. 收集证据：在整个过程中，各方应注意收集与纠纷相关的证据，如合同文本、补充协议、招投标文件、会议纪要、付款凭证、发票、验收记录、签证文件、往来函件、施工日志等，这些证据可能对后续的处理过程至关重要。
3. 法律检索：了解可能适用的法律法规、司法解释、地方性法规以及相关案例等，确定处理争议的法律依据。
4. 制订方案：律师或当事人根据法律检索结果和案件事实，围绕争议焦点进行法律分析，制订总体诉讼策略和具体方案。
5. 确定诉讼主体：明确适格的原告和被告。一般来说，合同纠纷以合同相对方为被告，但在建设工程施工合同纠纷中存在一些特殊规定，如因建设工程质量发生争议的，发包人可将总承包人、分包人和实际施工人列为共同被告；实际施工人也可依据具体情况以转包人、违法分包人或发包人为被告，或提起代位权诉讼。同时，需确保被告的主体资格符合法律规定，其名称、住址、法定代表人等信息准确无误。
6. 确定管辖法院：建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，由不动产所在地人民法院专属管辖。此外，还需注意级别管辖的规定，根据标的额等因素确定管辖法院的级别。
7. 提出诉讼请求：根据事实和法律，合理提出包括请求支付工程价款、赔偿损失等在内的诉讼请求。
8. 提起诉讼/申请仲裁：若协商无法解决纠纷，当事人可以向有管辖权的法院提起诉讼，或者根据合同中的仲裁条款申请仲裁。起诉时需提交起诉状，并按照被告人数提供副本。法院或仲裁机构受理后，会向被告送达起诉状副本等材料。
9. 交换证据与答辩：在法院或仲裁机构的组织下，双方交换证据，被告递交答辩状。
10. 开庭审理：包括开庭、质证、辩论等环节，双方在庭审中陈述事实、出示证据并进行辩论。
11. 调解：法院或仲裁机构通常会进行调解，若调解成功，将制作调解书。
12. 判决/裁决：若调解不成或一方反悔，法院将及时作出判决，仲裁机构则作出裁决。
13. 执行：如果一方不履行判决或裁决确定的义务，另一方可以申请强制执行。
具体的处理流程可能因案件的具体情况和当地的司法实践而有所不同。此外，在某些情况下，还可能涉及到工程鉴定等程序，以确定工程质量、造价等相关问题。
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